هیأت میثاق با شهدا با توجه به گستردگی و تخصصی بودن مسائل آن دارای هیأت امنایی است که سیاست­های کلان و خط مشی هیأت را مشخص می‌­کند. سیاست‌گذاری یک‌ساله برنامه­­‌ها و کلیه امور اجرایی هیأت بر عهده شورای هیأت و دیگر بخش­‌ها می­‌باشد که در ادامه به آن اشاره شده است:

شورای هیات:

معاونت مجمع خدام: این مجمع وظیفه دارد تا بستر مناسب برای رشد خدام هیأت در سه بعد بینش، گرایش و کنش مهیا کند که متناسب با آن برنامه­‌های مختلفی را در طول سال برای خدام در نظر دارد. اقدامات این خیمه را می‌­توان به برگزاری اردوهای تشکیلاتی، تفریحی و زیارتی، جلسات ادب خادمی، مدیریت دانش و ثبت تجربیات هیات نام برد.

معاونت قرارگاه رسانه‌­ای: تدوین و تولید آثار رسانه‌­ای هیأت در قالب­های مختلف از جمله تیزر، کلیپ، پادکست و همچنین عکسبرداری و فیلم برداری از جلسات هیأت توسط این قرارگاه صورت می­‌گیرد.

واحد علمی پژوهشی: نشر محتوای قابل عرضه از جلسات هیات برای مخاطب در قالب­‌های مختلف از جمله کتاب و نشریه، جهت دهی به فعالیت­ها به منظور نزدیک شدن به هیأت طراز انقلاب اسلامی و ارائه الگوی مناسب از وظایف این واحد می‌­باشد.

واحد مدیریت داخلی: مدیریت داخل جلسات و هماهنگی امورات مربوط به سخنران، مداح و … بر عهده مدیر داخلی می‌­باشد. همچنین بخش «لطائف قرآنی» با مدیریت این واحد فعالیت خود را جلو می‌­برد.

واحد فرهنگی: اثرگذاری بیشتر هیأت و جهت‌­دهی به ارتباط با مخاطبان در گروی انجام کارهای فرهنگی تمیز برای مخاطب می­‌باشد که رسالت این واحد در بخش های مختلف آن از جمله، فضاسازی و طراحی دکور، عرضه و معرفی کتاب، رادیو میثاق و هیأت نوجوانان همین مسئله می­‌باشد. 

واحد سمعی بصری: وظیفه آماده‌سازی زیرساخت­‌ها و مدیریت صوت، تصویردهی به مراسم و پشتیبانی از امورات برقی و فنی را برعهده دارد.

واحد پشتیبانی: مهیاسازی الزامات و انجام پشتیبانی‌­های سخت‌افزاری از مراسمات جهت آسایش بیشتر مخاطبان هیأت، وظیفه‌ی این واحد می‌باشد که این اقدامات در بخش‌های تدراکات، آشپزخانه، انتظامات، ترابری و خرید خلاصه می‌شود.

واحد روابط عمومی: کلیه امورات مربوط به تبلیغات، اطلاع‌رسانی مراسم و انتشار محتوای هیأت در قالب مدیریت سایت، کانال‌ها و اینستاگرام، پیامک و پوستر و همچنین عرضه محصولات هیأت، ارتباط گیری با نهادهای فعال بیرونی و پاسخگویی به مخاطبین از طریق درگاه‌­های موجود از وظایف این واحد به شمار می­‌رود.

دیگر بخش ها:

بخش خواهران: وظیفه جذب، مدیریت و سازماندهی خدام خواهر در این بخش تعریف می­‌شود که تعامل لازم با خدام برادر به منظور پیش‌برد فعالیت‌­ها توسط رابط انجام می‌­شود.

بخش مالی و نذورات: انجام کلیه امورات مالی هیأت نظیر جذب نذورات و مدیریت تراکنش‌­های مالی در این واحد صورت می‌­گیرد.

طرح سدره: این طرح با هدف احیای امر روضه‌­های خانگی راه اندازی شده به گونه‌­ای که با استفاده از ظرفیت هیأت، پشتیبانی از خانواده‌­ها در بخش­‌های مدنظر (سخنران، مداح، سیستم صوت و …) صورت گیرد و برگزاری این جلسات با تسهیل روبرو شود.

شجره طیّبه بسیج مستضعفین که از آغازین روزهای انقلاب اسلامی در تشکیل، حفظ و صدور انقلاب اسلامی، نقشی اساسی و مبنایی ایفا کرده است، از مقدمات شکل گیری این هیأت می‌­باشد. بهترین بستر برای رشد بذر «هیأت انقلابی» نهادهای انقلابی است و ریشه دارترین این نهادها بسیج است. تشکل بسیج دانشجویی در راستای تحقق این مهم، همواره وظیفه خود می­دانسته که از ظرفیت نهاد مقدس هیأت استفاده کند و قریب به ۳۰ سال است از زمان تاسیس هیأت میثاق با شهدای بسیج دانشجویی دانشگاه امام صادق ^{علیه‌السلام}  می­‌گذرد که به پاس زحمات خدام با اخلاص و ذاکرین اهل بیت تبدیل به پدیده­ای نو در عرصه­‌ی فرهنگی شده است.

در این هیات سعی شده با بهره‌مندی از ظرفیت دانشگاهی که مأموریت تحقق مرجعیت علمی را بر دوش خود دارد، توسعه عاطفی و عقلانی ولایت حقه اهل بیت علیهم‌السلام را در عرصه‌­های فرهنگی، اجتماعی، سیاسی و علمی را تسهیل و تسریع کند.

هیأت میثاق با شهدا همواره در پی تحقق و ایجاد هیأتی در طراز انقلاب اسلامی که همانا هیأت مطلوب در کلام و سیره عملی اهل بیت علیهم‌السلام است، بوده و می­‌باشد، که این امر را توسط دانشجویان و نخبگان فرهنگی دانشگاه و جامعه‌ی بسیجی دنبال می‌نماید.

و من الله التوفیق